Der Rechtsstreit begann am 20. April 2002, als die OCEAN WARRIOR, unter dem Kommando von Captain Paul Watson, einer Regierungseinladung folgend, auf dem Weg nach Costa Rica war. Sea Shepherd wurde eingeladen, eine Zusammenarbeitserklärung zum Schutz des weltbekannten Meeresschutzgebiets der Kokos-Inseln zu unterzeichnen.

Im Jahr zuvor rüstete Sea Shepherd Nationalpark-Ranger der Kokos-Inseln mit Equipment und einem Schiff aus, um die SAN JOSÈ, ein Schiff unter ecuadorianischer Flagge, wegen illegaler Fischerei im Schutzgebiet festzusetzen und zu konfiszieren.

2002 fuhr die OCEAN WARRIOR in das costa-ricanische Schiff VARADERO 1 und stellte fest, dass die Crew illegal auf der Jagd nach Haiflossen in den guatemaltekischen Gewässern war. Nachdem die VARADERO 1 mehren Aufforderungen die Fischerei einzustellen nicht nachgekommen war, erhielt Captain Paul Watson von der guatemaltekischen Marinebehörde die Genehmigung, das Schiff zur Festsetzung in den nächsten Hafen zu eskortieren.

Nach diesem Zwischenfall erhob die Crew der VARADERO 1 mehrere grundlose Anklagen gegen Captain Paul Watson. Dadurch entstand ein Rechtsstreit, der berüchtigt war und weltweit für Aufsehen sorgte, wodurch Costa Rica in die Kritik geriet, einen der weltweit anerkanntesten Umweltaktivisten anzuklagen. Der gesamte Vorfall wurde gefilmt und in „Sharkwater“, einem Film des kanadischen Direktors Rob Stewart, thematisiert.

Während dieses Rechtsstreits engagierte sich Sea Shepherd zum Schutz der Meeresbewohner im Meeresschutzgebiet der Kokos-Inseln und der Osa-Halbinsel, besonders zum Schutz diverser Haiarten, die durch illegale Fischerei und Sharkfinning (dem Abschneiden von Haiflossen) besonders gefährdet sind.

Sea Shepherds Angebot für hoch entwickelte Schiffsverfolgungssysteme und schnelle Patrouillenschiffe wurde von der Anklage gegen Captain Paul Watson beeinträchtigt. Damit ist jetzt Schluss. Die aktuelle Regierung und die Behörden haben grosses Interesse gezeigt, Zusammenarbeitsvereinbarungen mit Sea Shepherd zu fördern.

Captain Paul Watson gab dazu folgendes Statement ab, in dem er die Arbeit seines Teams, seines Anwalts Abraham Stern sowie die Einwohner und die Regierung von Costa Rica lobte:

„Dank der Überzeugung und Beharrlichkeit unseres Rechtsteams liegt diese Schwierigkeit nun in der Vergangenheit. Ich möchte den Menschen in Costa Rica für ihre Solidarität, der aktuellen Regierung für ihre Gelassenheit und besonders dem Umweltminister Carlos Manuel Rodríguez Echandi für seine Unterstützung danken. Jetzt ist es an der Zeit nach vorn zu schauen und die Bemühungen, die unsere Organisation und tausende Menschen weltweit jeden Tag unternehmen, um die Umwelt zu schützen, fortsetzen."

Der Fall resultierte in der Festnahme Captain Paul Watsons im Mai 2012 in Deutschland. Die Festnahme geschah als Antwort auf den Auslieferungsantrag Costa Ricas an Deutschland. Nach der Festnahme stellte auch Japan einen Auslieferungsantrag. Deutschland entschied sich, Paul Watson nach Japan auszuliefern. Dieser hatte jedoch andere Pläne und floh aus Deutschland in die Antarktis, um sich ein letztes Mal gegen die japanischen Walfänger zu stellen.

Einen Monat nach der Flucht liess Interpol auf Wunsch von Deutschland eine Rote Ausschreibung gegen Watson für Costa Rica und Japan verhängen. Dies verursachte weltweite Aufregung und stärkte die Unterstützung für Sea Shepherds Anti-Walfang-Kampagnen noch weiter. Sea Shepherds Eingriffe gegen die japanische Walfangflotte wurden in der, mit einem Emmy ausgezeichneten TV-Serie „Whale Wars“ gezeigt.