Sea Shepherd ist seit 1979 bestrebt, durch direktes Eingreifen der illegalen Wilderei auf der ganzen Welt ein Ende zu setzen. Als der kommerzielle Walfang die Walpopulation fast gänzlich auslöschte, wurde in 1986 ein globales Moratorium für den Schutz dieser Tiere verabschiedet. Doch einige Länder weigerten sich, dem Moratorium zu unterliegen. Während Norwegen und Island weiter wildern, werden auf den Färöern Grindwale und andere reisende Waltiere geschlachtet. Jedes Jahr, während der Sommer auf der südlichen Hemisphäre Einzug hält, schicken die Japaner ihre Flotten aus, um sich der vermeintlichen ''Wissenschaftlichen Forschung um die Wale'' zu widmen. Die IWC (International Whaling Commission) wie auch die ICJ (International Court of Justice) vermuten, dass unter dem Deckmantel der Wissenschaft Wale aus kommerziellen Gründen geschlachtet werden. Seit Sea Shepherds erster Reise in die Antarktis im Jahr 2002 haben die durchgeführten Kampagnen mittels direktem Eingreifen erfolgreich über 6000 Wale retten können. Sea Shepherd warf Kanada die Schlachtung von Robben vor. Diese Untat wird seit 1978 betrieben. Obwohl damit ein Verbot auf die Importe von Robbenprodukten in die USA und Europa erzielt werden konnte, verlieren heute weiterhin tausende von Robbenjungen ihr Leben.

"Japan hat den Walen im Südpolarmeer den Krieg erklärt. Die Mitgliedsstaaten der relevanten Konventionen haben nur darüber geredet, aber nichts unternommen. Keine andere NGO, ausser Sea Shepherd, unternimmt etwas dagegen." - Captain Alex Cornelissen

Havarien bei der Offhore-Förderung haben einige der grössten menschengemachten Naturkatastrophen unserer Zeit ausgelöst und bedrohen deshalb nicht nur das Leben und Überleben der Meerestiere, sondern auch der Küstenbewohner. Sea Shepherd hat sich 2014 mit Ocean Alliance zusammengetan, um die Langzeitfolgen der Havarie der Deepwater Horizon zu untersuchen. Dabei wurden mehrere hundert Millionen Liter Rohöl freigesetzt. Später wurden giftige Chemikalien verwendet, die das Öl verteilten und zu einer Anreicherung in der Nahrungskette führten. Um weitere solche Katastrophen zu verhindern, hat Sea Shepherd 2016 erfolgreich mitgeholfen, neue Bohrungen durch BP in der Grossen Australischen Bucht zu verhindern.